System Edukacja Web 3.0 posiada moduł płatności umożliwiający w  łatwy, intuicyjny sposób prowadzenie ewidencji zobowiązań oraz płatności. Dzięki niemu, rodzice mogą obserwować stan swoich zobowiązań wobec szkoły oraz szybko uzyskiwać informacje o zmianach. Z kolei dział księgowości w szkole kontrolując należności, może przy pomocy systemu powiadomić opiekunów ucznia o ewentualnych zaległościach.

Ponadto system umożliwia dokonywanie wydruków KP oraz KW a także ewidencjonowanie wyciągów bankowych. Możliwe jest rozliczanie innych płatności np. z tytułu rekrutacji, opłat za obiady itd.

Moduł ten jest opcjonalny. Zalecamy go tym jednostkom oświatowym, które potrzebują prowadzić dokumentację księgową on-line.